JFZ fit la connaissance du compositeur neuchâtelois en 1942 par l'intermédiaire de Marie Panthès, habituée du salon de Lucien Bernheim. René Gerber en a fait lui-même la relation : "Lors d'une rencontre chez les Bernheim à Genève en 1942, Julien-François joua sa Suite brève op. 1 et je fus très étonné de consater que cet opus était marqué d'une telle invention et réalisé en une forme aussi achevée. Cette entrevue fut le début d'une collaboration entre J.-Fr. Zbinden et moi, qui dura une dizaine d'années, et au cours de laquelle le contrepoint et l'orchestration en constituèrent la substance essentielle." Une profonde amitié naquit de cette collaboration et JFZ ne manqua jamais de discuter de ses œuvres avec Gerber jusqu'à son décès.
JFZ lui dédia sa Symphonie N° 2 op. 26. En hommage à son 90e anniversaire, il écrivit une courte pièce pour piano intitulée Méditation sur le nom de G.E.R.B.E.R. op. 90, qu'il offrit à l'intéressé en l'interprétant lui-même à son domicile devant les nombreux amis réunis. Il y ajouta la partition imprimée et un enregistrement CD réalisé quelques temps auparavant au Studio de Genève. Rencontre capitale, il faut néanmoins préciser que l'esthétique de Zbinden ne doit rien à celle de Gerber.